Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji

Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji (CLKP), jako instytut badawczy, prowadzi prace rozwojowe oraz badania naukowe w zakresie kryminalistyki i technik kryminalistycznych. W CLKP realizowane są polskie i międzynarodowe projekty badawcze, w efekcie których powstają narzędzia wspierające organy ścigania w walce z przestępczością (np. projekty: AEVITAS, NEXT czy VISAGE). Projekt SMAFT jest kolejnym projektem genetycznym, którego celem jest opracowanie nowego narzędzia do analizy śladów tym razem występujących w postaci próbek gleby. Kierownikiem projektu SMAFT jest Naczelnik Wydziału Rozwoju Naukowego CLKP nadkom. dr n. med. Renata Zbieć-Piekarska, autorka wielu publikacji naukowych z dziedziny kryminalistyki.

CLKP jako lider projektu stara się inspirować całe konsorcjum i wspólnie pokonywać wyzwania jakie niosą za sobą poszczególne zadania. Naszym celem jest zapewnienie realizacji głównego celu projektu, zgodnego z harmonogramem postępu prac projektowych oraz organizowanie dobrej współpracy w ramach konsorcjum.

Oprócz funkcji nadzorczych nad projektem Zespół CLKP odpowiada za przygotowywanie i sprawdzanie bibliotek do sekwencjonowania WGS oraz realizację końcowego etapu projektu związanego z walidacją ostatecznej wersji systemu SMAFT. Jest również zaangażowany w większość zadań realizowanego projektu merytorycznie i/lub prowadząc prace doświadczalne.

Pomorski Uniwersytet Medyczny

Zakład Genetyki Sądowej w Szczecinie Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego w Szczecinie posiada wieloletnie doświadczenie w sprawach identyfikacji szczątków ludzkich pochodzących z różnych okresów historycznych. Badania prowadzone z zakresu antropologii sądowej, analizy dowodów rzeczowych oraz DNA jądrowego i mitochondrialnego prowadzone są przez zespół specjalistów z zakresu genetyki sądowej, antropologii sądowej oraz kryminalistyki. Kierownik Zakładu dr hab. Andrzej Ossowski jest pomysłodawcą i współtwórcą Polskiej Bazy Genetycznej Ofiar Totalitaryzmów a pracownicy są powoływani przez organy ścigania i sprawiedliwości do wykonywania prac ekshumacyjnych w kraju i za granicą oraz identyfikacji ofiar w miejscach katastrof. Z uwagi na duże doświadczenie w pracach terenowych Zespół PUM przeprowadza sezonowy zbiór próbek gleby z 80 miejsc na terenie Polski. Wykorzystywane są do tego współrzędne z urządzeń z funkcją GPS oraz aplikacja ewidencjonująca miejsca pobrania.

Warszawski Uniwersytet Medyczny

Zakład Genetyki Medycznej prowadzi prace naukowo badawcze, działalność dydaktyczną oraz diagnostykę chorób o podłożu genetycznym. Badania dotyczą min. analizy czynników genetycznych w schorzeniach (alergicznych, autyzmie, chorobie Gravesa-Basedowa); odpowiadających za fenotyp u bliźniąt jednojajowych oraz badania eksomu. Jest to możliwe dzięki kompletnej infrastrukturze umożliwiającej prowadzenie prac w oparciu o platformy do zaawansowanej analizy sekwencji kwasów nukleinowych oraz wykwalifikowanemu zespołowi badawczemu. Kierownik Zakładu prof. dr hab. n. med. Rafał Płoski to autor ponad 100 prac opublikowanych w piśmiennictwie międzynarodowym prac z obszaru diagnostyki genetycznej nowotworów oraz zagadnień związanych z antropologią i identyfikacją osobniczą na potrzeby medycyny sądowej. Zespół WUM jest odpowiedzialny za etap związany z sekwencjonowaniem wysokoprzepustowym WGS DNA mikrobiomu środowiskowego pochodzącego z próbek gleby.

Uniwersytet Jagielloński

Małopolskie Centrum Biotechnologii (MCB) jest samodzielną jednostką naukową utworzoną przez Uniwersytet Jagielloński w Krakowie. MCB powstało jako projekt dofinansowany w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka 2007-13 mający na celu utworzenie interdyscyplinarnego ośrodka badawczego umożliwiającego wykonywanie kompleksowych badań na różnych poziomach funkcjonowania organizmu. W realizację projektu SMAFT zaangażowane są dwie grupy badawcze UJ-MCB: Laboratorium ds. Badań nad Zmiennością Genomu Ludzkiego oraz Bioinformatics Research Group.

Laboratorium ds. Badań nad Zmiennością Genomu Ludzkiego (MCB UJ) specjalizuje się w badaniu zmienności genetycznej człowieka, w tym epigenomu jak również związanych z człowiekiem mikroorganizmów. Pracownię tworzą ludzie, dla których praca jest pasją, z imponującym dorobkiem naukowym z zakresu m. in. predykcji wyglądu czy wieku na potrzeby kryminalistyki. Liderem Grupy jest prof. nadzw. dr hab. Wojciech Branicki biegły z zakresu genetyki sądowej, członek polskich i międzynarodowych towarzystw naukowych. Jest autorem wielu publikacji naukowych i podręczników związanych z predykcyjną analizą DNA i opracowywaniem narzędzi dochodzeniowo-śledczych wykorzystywanych na świecie w genetyce sądowej. Zespół prof. Branickiego odpowiada za etap izolacji mikrobiomu z gleby oraz testowanie i wybór technologii do celowanej analizy składu mikrobiomu gleby.

Bioinformatics Research Group (MCB UJ) kierowana przez dr hab. inż. Pawła Łabaja skupia się na rozwoju metod analizy danych w aktualnych wyzwaniach biomedycznych, ze szczególnym uwzględnieniem postępu transkryptomiki i metagenomiki na drodze do medycyny precyzyjnej. W tym zakresie Dr Łabaj odgrywa wiodącą rolę w konsorcjum SEQC koordynowanym przez amerykańską Agencję ds. Żywności i Leków (US FDA), zajmującym się benchmarkingiem technologii profilowania ekspresji genów na dużą skalę, w tym RNA-Seq. Dr Łabaj jest również aktywnym członkiem Międzynarodowego Konsorcjum MetaSUB, gdzie skupia się na analizie danych metagenomicznych z próbek środowiskowych w kontekście dobrostanu i zdrowia publicznego, jak również na umożliwieniu wykorzystania analizy mikrobiomu środowiskowego do celów kryminalistycznych. Współzałożyciel stowarzyszenia MetaSUB Europe Society. Zespół pod kierownictwem dr hab. inż. Pawła Łabaja jest odpowiedzialny za analizę danych metagenomicznych z sekwencjonowania DNA mikrobiomów próbek gleb oraz wytypowanie markerów wchodzących w skład panelu genetycznego do celowanej analizy mikrobiomu gleby, wchodzącego w skład systemu SMAFT.

ARDIGEN

Ardigen to polska firma bioinformatyczna, która wykorzystuje algorytmy sztucznej inteligencji w procesie opracowywania nowych terapii i leków innowacyjnych. Ardigen przyspiesza rozwój terapii dzięki zastosowaniu zaawansowanych technologii cyfrowych w badaniach dotyczących immunologii, mikrobiomu, jak również analizy obrazów biomedycznych. Dotychczas firma Ardigen wspomagała w realizacji projektów naukowo- badawczych oraz doktoratów wdrożeniowych Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu, Uniwersyteckie Centrum Klinicznym w Gdańsku, PORT (Polski Ośrodek Rozwoju Technologii - Sieć Badawcza Łukasiewicz) we Wrocławiu, Politechnikę Wrocławską, Akademię Górniczo Hutniczą w Krakowie, Uniwersytet Jagielloński w Krakowie oraz Politechnikę Warszawską. Analiza składu mikrobiomu wymaga zastosowania zaawansowanych technik bioinformatycznych tak aby ogromne ilości danych uzyskanych z sekwencjonowania mogły zostać wielowymiarowo zinterpretowane. Ardigen zapewnia zaplecze bioinformatyczne oparte na metodach uczenia maszynowego i najnowocześniejszych algorytmach sztucznej inteligencji dzięki nowatorskiej mikrobiomowej platformie translacyjnej (Microbiome Translational Platform). W projekcie Zespół Ardigen odpowiada za opracowanie programu SMAFT, w tym bazy danych sekwencji WGS i algorytmu umożliwiającego wydajne przeszukiwanie jej zasobów.